どうやっても再エンコードされるので、UPする動画は極力1.5GBに近づけておくというFAは出ているんだけど、いつもUPしているフルHD60fps動画を今のニコ動にUPするとどうなるかを見てみる。（画像はクリックすると原寸大で見れるはず）
1.5GBくらいになると100MB程度サイズが変わっても大して画質が変わらないので適当に1.3~1.4GB程度にエンコードするのがおすすめ

【1.5GBファイル】

http://www.nicovideo.jp/watch/sm29924773

とりあえずセオリー通り、1.5GBでUPして、ブラウザで一番高画質が反映されるであろうHTML5 Playerで再生してみてスクショをとってみる

細かいところが潰れてかなりきつい＞＜。再エンコードの最大画質が2000kbpsしかないのは辛い。倍くらいほしいよ。画質でyoutubeに対抗しようとしてほしいもんです。

iPadのニコニコ公式アプリでは
PCのブラウザと変わんないか。

投稿した元動画は

1.4GBくらいになるようにエンコードしたので、圧縮によるノイズのようなものは見えるわけないよね。

これをニコ生の動画紹介で再生されるとこうなる

ひでーなこれ、もはや泡があったかどうかもわからんｗ

【１００Mファイル編】

http://www.nicovideo.jp/watch/sm30411680

旧仕様の時と同じように「つんでれんこ」さんにお任せして100MBにしてUPしてみたところ

ニコ動HTML5 Playerでは

泡があるのかあんまりわからないくらい劣化してしまった。。。

iPadのニコニコ公式アプリ

PCのブラウザと変わんないね。

元の動画は、100Mでエンコードしたので
この程度で、けっこうもやもやが目立ってしまってます。（泡の存在はわかるくらい）
ぶっちゃけ、100MBに抑えようとするとビットレートが2800kbpsになってただでさえ足りない。

これをニコ生の動画紹介で再生されると

おや？綺麗。再エンコされていない！！
先日Pangelinoさんの動画紹介で紹介されたときに見た時に、「ＳＨＩＮＴＡ（翔星 P）」先生に「fullhd60fpsか？」って聞かれたのでもしやニコ生では非再エンコ動画が流れるんじゃないか？と思って確認してみたらどうやらどのとおりらしい。

ニコ生紹介用だと今まで通り100MBエンコードでもいいらしい。（そんな使い方に何の意味があるかといわれると。。。。）

【旧仕様】

http://www.nicovideo.jp/watch/sm29481166

参考までに旧仕様で100MB UPした動画の場合

ニコ動HTML5 Player

元動画

ニコ生再生

はいっ変わりません。再エンコードされないから当たり前だよね。

このころは良かった。。。

結論

• 101MB以上1.5GB以下にエンコードしてアップロード
  ブラウザ再生 → 新サーバー（新サーバー仕様再エンコード） → 画質〇
  ニコ生再生 → 旧サーバー（再エンコード） → 画質×
  ニコ動ダウンロード → 旧サーバー（再エンコード） →画質×

• 100MB以下にエンコードしてアップロード
  ブラウザ再生 → 新サーバー（新サーバー仕様再エンコード） → 画質△
  ニコ生再生 → 旧サーバー（再エンコードなし） → 画質◎
  ニコ動ダウンロード → 旧サーバー（再エンコードなし） →画質◎

ここまで自分がアップロードする観点で書いてきたけど、人がUPしたものをダウンロードしようとする場合は、
新サーバーと、旧サーバーの両方をダウンロードしてきて、ファイルサイズが大きい方が高画質になるってことで。

ニコ生再生の検証に http://com.nicovideo.jp/community/co2266142 および http://com.nicovideo.jp/community/co1979030 のコミュニティの生放送を使わせていただきました。ありがとうございます。